הישיבה הגבוהה במצפה ירחו נוסדה בשנת תשנ"ה על ידי ראש הישיבה הרב שבתי סבתו שליט"א. וכיום משמש לצידו כראש ישיבה הרב יצחק סבתו שליט"א.

הישיבה ממוקמת בישוב מצפה ירחו, בליבו של המדבר, מול הר נבו, במקום בו השקט והטהרה הייחודיים לנוף המדברי הקסום, מרחיבים את הדעת ופותחים את הלב לעולמות רוחניים ופנימיים.

מגמת הישיבה לגדל תלמידי חכמים בני תורה, אנשי מידות, בעלי חזון, המעורים בצרכי הדור והשעה ופועלים למען גאולת ישראל, כל אחד לפי כישוריו.

מגמה זו באה לידי ביטוי בבוגרי הישיבה הרבים העוסקים בעשייה חינוכית - תורנית בארץ ובעולם: ראשי ישיבות, ראשי כוללים, רמי"ם ורבני קהילות. חלוצים השותפים בחיזוק ההתיישבות במרחבי ארצנו, אנשי צבא, אנשי מדע, ועוד...

אחת מגולות הכותרת של הישיבה הם הגרעינים התורניים הממשיכים ומושכים את אורה של תורת ארץ ישראל המאירה בישיבה אל מרכז הארץ. עד כה הקימו בוגרי הישיבה גרעינים ברמת השרון, נתניה, קריית אונו – סביון, וגבעתיים.

הישיבה היא ישיבה גבוהה המאפשרת לימוד ארוך ומשמעותי לפני השירות הצבאי ואחריו, לימוד שמאפשר בניין קומה רוחנית שלמה.  מבנה הישיבה הגבוהה מאפשר לכל בחור להתגייס בשלב הנכון ביותר בהתפתחותו האישית והרוחנית. יש שמתגייסים אחר שנים מועטות יותר ויש לאחר שנים מרובות יותר. ישנו לוויו אישי משמעותי של צוות הישיבה בכל הנושא הצבאי:  לפניו ,במהלכו ואחריו.

 הלימוד בישיבה מתפרס על כל חלקי התורה. השיעורים השונים והמגוונים פותחים את הדלת לתלמידים בעלי סגנונות  שונים , ומפתחים כל בחור לפי כשורנו ונטיית נפשו . עם זאת מדגש בישיבה גם החיבור לכלל הישיבה וכלל עם ישראל.  דרך חינוכית זו באווירה החמה והמשפחתית הקיימת בישיבה יוצרת הפרייה יצירה וחידוש, הן בלימוד והן בהתפתחות האישיותית.

בישיבה לומדים כ 170 בחורים  אברכים, כן ירבו, המתגוררים בישוב ושותפים לעשייה החינוכית במקום ובאזור כולו.

הישיבה נמצאת עתה בתנופת התרחבות גדולה, לאחרונה  נפתח בישיבה בית דין לדיני ממונות. כדיינים בבית הדין משמשים בוגרי הישיבה שהוסמכו לדיינות על ידי הרבנות הראשית.  בית הדין פועל גם כבית הוראה לשאלות בדיני ממונות המופנות אליו מבוגרי הישיבה ומרבים נוספים, מתוך גדלות בתורה וידע בחוקי המדינה. כמו כן נוסד כולל ערב בישיבה אשר משמש גם כבית מדרש קהילתי ומרכז ללימוד אברכים  עם תושבי הישוב אשר חפצים להרבות תורה. אתר האינטרנט  של הישיבה שודרג ופותח ובו שיעורי תורה רבים. הוקם מכון העוסק בפיתוח עולם המידות של ארץ ישראל  ושיעורים בנושא מועברים כסדרן בישיבה  ועוד ועוד..